Kada se pomenu bioidentični hormoni misli se na polne hormone koje su , po svojoj biohemijskoj strukturi identični hormonima koji se proizvode u našem telu. Zabunu pravi naziv PRIRODNI HORMONI. Zapravo, prirpdni hormoni su supstance koje se nalaze u biljnom iili životinjskom svetu, ali nisu identični ljudskim hormonima, dok bioidentični hormoni mogu da se sintetišu u laboratojijama, ili da se laboratorijski dorađuju prirodni hormoni.

Bioidentični polni hormoni su estradiol, estriol, progesteron, testosteron, DHEA.Oni se koriste za nadoknadu u istilh u periodu perimenopauze i postmenopauze.Ova nadoknada se zove HORMONSKA SUPSTITUCIONA TERAPIJA (HST) Na drugoj strani, suprotno od bioidentičnih hormona su konvencionalni hormoni čija struktura nije identična  humanim hormonima. To su recimo konjski estrogeni ili sintettski progestini (slični progesteronu) kao što je noretisteron, norgestimat, linestrenol, medrogsiprogesteron acetat.

Konvencionalna hormonska suptituciona terapija je podigla veliku prašinu početkom ovog veka, kada je jedna  velika međunarodna studija (Women s Health Initiative , WHI) koja je obuhvatala nekoliko stotina hiljada žena, naglo prekinuta, jer su uključene žene imale dobijale karcinom dojke i kardiovaskularna oboljenja (infartk srca i tromboembolije pluća) mnogo češće od kontrolne grupe žena. Ovde su bili oralno upotrebljeni konvencionalni hormonski preparati sa fiksnom koncentracijom konjskog estrogena i sintetskog progesterona.

Već dugo vremena pre ove studije, pre svega u Americi, neki lekari, pre svega oni koji se zove naturopati ( ili lekari prirodne ili peronalizovane medicine) prepisivali su bioidentične hormone koji nisu mogli da se kupe kao gotov proizvod, nego su se pravili u apotekama po specijalnoj recepturi za svakog pacijenta.

Estrogeni su se koristili u vidu gela ili flastera i to kao 17-beta- estradiol ili estradiol acetat, a aplikuju se preko kože. Na ovaj način zaobilazi se jetra, kao mesto gde se ovi hormoni deaktiviraju. Tako se izbegava upotreba mnogo većih doza estrogena i stvaranje štetnih metabolita koji dovode do tromboze u krvnim sudovima i odgovorni su za rak dojke. Što se progesterona tiče, bioidentična forma je spakovana u mikrogranule, tako da se zove mikronizovani progesteron, i tako je izbegnuto njegovo brzo razlaganje još u želucu. Upotreba progesterona preko kože deluje samo na mestu aplikacije, ali ima malo sistemsko delovanje. Tako da oralna ili vaginalna upotreba bioidentičnog progesterona mora da se sprovodi 10 do 14 dana kod žena koje su u perimenopauzi, a kod žena koje su u postmenopauzi, kontinuirano svaki dan, zajedno sa gelom ili flasterom koji sadrži estradiol. Pojedini estrogenski gelovi imaju i estriol iestradiol, pa se zovu BI EST. Za estriol se veruje da ima protektivnu ulogu u nastanku karcinoma dojke, kao i bioidentični progesteron.  Za razliku od konvencionalnih ili nebioidentičnih progestina čija struktura je dovodila da se ove suptance `kače `na receptore drugih hormona, a ne samo na progesteronske receptore, bioidentični progesteron tačno se zakači samo na progesteronski receptor.Tako su konvencionalne hormonske formule imale i dejstvo kao hormnoni nadbubrežne žlezde ili kao testosteron, pa su žene imale povišeni krvni pritisak, pojavu akni ili dlaka na licu i dojkama. To se sa bioidentičnim hormonima ne može desiti.

Nedostatak ove terapije sa bioidentičnim hormonima, što se moraju odvojeno i svakodnevno koristiti i što su češća probojna materična krvarenja koja, po pravilu uznemiravaju žene, mada ne znače postojanje maligniteta. To ima za posledicu češću posetu ginekologu i potrebu da se žene bolje upute u svoju hormonsku situaciju i da , uz adekvatnu saradnju sa lekarom, same nauče da doziraju i menjaju svoju terapiju. Da bi ova terapija bila savršena,( a često se dodaje i testosteron, u vidu vaginaleta ili gela , samostalno ili u kombinaciji sa progesteronom) potrebno je češće određivanje hormona u pljuvački. Prati se laboratorijski stanje hormona u pljuvački u toku celog meseca, tri puta dnevno. Ovi testovi ne postoje u našoj zemlji. Testovi iz krvi mogu da pomognu, ali su daleko nepouzdaniji, a vađenje krvi svaki dan 3 puta u toku celog meseca, nije prihvatljivo. Zatim kombinacija BIEST-a, mikronizovanog progesterona i testosterona u različitim razmerama i koncentaracijama, se još uvek ne prave u našim apotekama. Navodno je zakonodavstvo u ovim slučajevima komplikovano, jer apoteke ne mogu da garantuju da se u svakoj vaginaleti ili tableti nalazi isti sastav jer je to manufakturni način proizvodnje. Na našem tržištu postoje bioidentični estradiol i mikronizovani progesteron koji moraju odvojeno da se koriste a doziranje se vrši individualno za svaku pacijentkinju , u zavisnosti od njene kliničke slike i nalaza koncentracije hormona u krvi.